Режим свободной таможенной зоны распространяется на иностранные товары, за исключением подакцизных товаров, товаров, запрещенных для ввоза на территорию России и тех, в отношении которых не могут быть применены таможенные льготы в силу запрета, утвержденного правительством РФ, в том числе по предложению правительства Калининградской области. Региональное правительство вправе также предложить российскому правительству закрыть таможенные льготы для отдельных категорий товаров, которые по закону могут на них рассчитывать. Налоговые льготы предусматриваются в отношении налогов на прибыль и имущество организаций на срок 12 лет и не уплачиваются в первые шесть лет, а в течение второй половины этого срока уплачиваются по пониженной на 50% ставке.

Управление Особой экономической зоной осуществляют уполномоченный федеральный орган и администрация ОЭЗ как структурное подразделение правительства Калининградской области. Федеральный центр отвечает за обеспечение специального правового режима ОЭЗ, регион - за организацию функционирования зоны.

Объем капитальных вложений, сделанный резидентом в свой инвестиционный проект, должен составить не менее 150 млн. руб. за 3 года (приблизительно 5,3 млн американских долларов).

Переходный период для юридических лиц, прошедших государственную регистрацию на территории Калининградской области и осуществляющих свою деятельсность на основании старого Федерального закона от 22 января 1996 года, составляет 10 лет. Они могут применять режим свободной таможенной зоны в порядке, установленном новым законом.

Согласно закону операции по переработке товаров при применении режима свободной таможенной зоны включают:

1. собственно переработку или обработку товаров;
2. изготовление новых товаров, в том числе монтаж, сборку или разборку товаров;
3. ремонт товаров, в том числе их восстановление, замену составных частей, восстановление их потребительских свойств;
4. переработку товаров, которые содействуют производству товарной продукции или облегчают его, даже если эти товары полностью или частично потребляются в процессе переработки.

Товары считаются достаточно переработанными при выполнении одного из следующих условий:

• в результате переработки или изготовления товаров произошло изменение классификационного кода по Товарной номенклатуре внешнеэкономической деятельности на уровне любого из первых четырех знаков (в пержнем законе – на уровне любого из первых пяти или первых шести знаков);
• в результате переработки произошло изменение стоимости товаров и процентная доля добавочной стоимости достигает 30%

Не рассматриваются как операции по переработке следующие операции:

• операции по обеспечению сохранности товаров во время их храниния и транспортировки;
• операции по подготовке товаров к продаже и транспортировке (деление партии, формирование отправок, сортировка переупаковка);
• простые сборочные операции и иные операции, осуществление которых существенно не изменяет состояние товара по определяемому Правительством РФ перечню;
• смешивание товаров, происходящих из различных стран, если характеристики конечной продукции существенно не отличаются от характеристик смешиваемых товаров.