Товары считались произведенными на территории Особой Экономической зоны в Калининградской области, если величина добавленной стоимости в процессе переработки составляла не менее 30%, а в случае с электроникой и сложной бытовой техникой - не менее 15%, а также влекла за собой изменение товарного кода по таможенной классификации на уровне шестого знака. Происхождение товаров подтверждалось сертификатом происхождения, который выдает Торгово-промышленная палата Калининградской области.

В связи с тем, что федеральное таможенное законодательство периодически претерпевало изменение, а специфика Особой экономической зоны в нем своевременно не была прописана, постоянно существовал риск приостановки действий одного или нескольких положений закона об ОЭЗ, что влекло за собой потери в производстве хозяйствующих элементов, либо прекращению бизнеса вообще. Поэтому судьба Особой Экономической зоны продолжала оставаться под вопросом. К тому же некоторые политики и экономисты рассматривали ОЭЗ как черную дыру контрабандистской деятельности, иные видели в ОЭЗ причину для политического сепаратизма, наконец, представители "чистого учения" считают, что здесь нарушается принцип свободной коммерции и торговли. Последнюю позицию занимает и Мировой Банк. Ограничения, введенные на ввоз определенных товаров, явно указывали на то, что в Москве всегда существовали определенные течения, побуждающие отменить обширные таможенные льготы, содержащиеся в законе об ОЭЗ в Калининградской области. Чувствовалось, что ОЭЗ рано или поздно будет подвергнута каким-то изменениям. Стоило ожидать, что поддержка производства и переработки будет сохранена, в то время как торговля будет подчинена общему российскому таможенному законодательству.

Данный закон исключает куплю-продажу земельных участков на территории ОЭЗ для иностранных физических и юридических лиц, в нем разрешена лишь долгосрочная аренда. По данным Калининградского областного комитета по управлению имуществом, обладающего важным влиянием в сфере приобретения участков земли и недвижимости, в определенных условиях существует возможность выкупа земли, относящейся к производственным мощностям.

Еще до момента вступления в силу вышеупомянутого Договора и Закона областная дума приняла закон "Об условиях поддержки инвестиций в Калининградской области" от 27 апреля 1995 года. В нем предусматривается частичное освобождение от различных налогов либо льготное налогообложение, а также дотации - при соблюдении определенных условий. Этот закон почти не нашел практического применения.

Впоследствии добавились некоторые государственные акты по регулированию деятельности Особой Экономической зоны, которые основывались на уже существующей законодательной базе и продолжали ее развитие. Так, председатель Правительства Российской Федерации Виктор Черномырдин 29 сентября 1997 года подписал "Федеральную программу развития Особой Экономической зоны в Калининградской области на период с 1998 по 2005 гг.", которая призвана подчеркнуть особую озабоченность российского правительства тяжелым положением региона и в которой предусматривались дотации на развитие ОЭЗ.

Под давлением губернатора Калининградской области региональная Дума приняла закон "О локальных свободных экономических зонах в Калининградской области" от 9 октября 1997 года, который фактически подменил собой вышеупомянутый закон об инвестиционной поддержке. В соответствии с данным законом юридические и физические лица получили право представлять на комиссию, члены которой назначаются губернатором, заявки на создание локальной свободной экономической зоны. Заявки должны были рассматриваться на конкурсной основе, в случае подтверждения заявитель получает определенные преимущества для инвестиционной поддержки. Опыт практического применения данного закона неизвестен.